В этом есть исторические причины. Судя по
http://www.oldflutes.com/ получается, что наиболее распространенный строй европейских флейт уже столетиями ре. Потом флейтам прикрутили колено до, но аппликатура ре сохранилась. У блокфлейты тоже сильно прослеживается аппликатура ре. Получается, что на теноровой блокфлейте до хорошо играть музыку с траверса ре (в общем это одно из известных применений теноровой дудки). И сопрано частично совпадает по аппликатуре с вистлом ре. Еще момент. В ирландской музыке (все наверное в курсе, что вистл это ирландский инструмент и на нем играют тонны ирландской музыки) все заточено на 90% под ре флейты.