[amateur]

Встречал упоминание о том, что на деревянных дудках подстраивают, или подстраивали когда-то отверстия воском. То ли частично залепляя, то ли залепляли полностью, а потом делали в воске отверстие поменьше, подгоняя тон, но мне кажется это не очень надежно.

Я бы наверно попробовал использовать акриловую водостойкую шпаклевку, которая бывает самых разных цветов от белой до самой темной цвета венге. В маленьких баночках продается. Только надо дать ей как следует подсохнуть,-кажется не меньше суток. Можно сузить отверстие чуть больше нужного, а после полного высыхания аккуратно круглым надфильком точно подстроить. Во время работы лучше изнутри что-то подложить под отверстие, например карандаш с накрученной на него до нужного диаметра пленкой. Вытащить после того как подсохнет. Краям отверстия думаю лучше придать шероховатость надфилем или наждачкой перед замазыванием.