E.T.,
Какие-то у Вас неверные данные. Отверстие под амбушюр (как и остальные отверстия) сверлится перпендикулярно оси флейты, так чтобы ось проходящая сквозь сверло пересекала ось трубки под прямым углом (или под близким к нему углом +- пару градусов). Но уж точно не под 45 градусов.
А вот одна трубка - это существенный недостаток. Вряд ли инструмент получится с первого раза. Так что советую запастись еще несколькими трубками для последовательных приближений к желаемому результату.